公元2500年，由于地球两极冰层融化，世界变得汪洋一片，人们只有在水上生活。一名孤独的海行者来到了浮岛阿托尔，用一罐泥土交换水和番茄苗。在那个时候，泥土是极其珍贵的东西。正当他准备离开时，他和岛上的人发生了冲突。岛上的居民发现他是一个长着鳃和蹼的变体人，把他关了起来。
正当岛上居民要处死海行者时，阿托尔受到了海盗“烟民”的袭击。海伦和她的养女伊萝娜没有能赶上老人维格的气球逃生，于是救出了即将沉入泥浆池的海行者，要求他带她们逃出阿托尔。海行者靠着他过人的机智勇敢和那艘神奇的帆船冲出了阿托尔，并巧妙地诱使“烟民”的重型火力击毁了他们的旗舰。匪首迪肯失去了一只眼睛，他发誓要报复海行者。
“烟民”进攻阿托尔的目的是为了寻找小女孩伊萝娜。在她的背上刺有一幅标明着神秘的传说中的陆地方位的地图。为此她不断受到迪肯的追捕。
在帆船上，海行者和海伦母女俩一开始并不友好。但在日夜兼程的航行和与“烟民”不断斗争中，他们的关系也逐渐变得团结和睦了。为了证明陆地已不存在，海行者带着海伦来到海低世界，向她展示了被淹没的古老城市。
在他们浮出水面时，他们受到了迪肯的袭击。伊萝娜被抓走了，帆船也被烧毁。这时，海行者却从伊萝娜的画中确定了陆地的存在。
海行者和海伦被维格的气球所救。由于阿托尔的幸存者们拒绝提供帮助，海行者只能独自前往烟民的大本营 —— 一艘巨大的油轮残骸去找迪肯算帐。经过一番激烈的博斗，海行者终于摧毁了烟民的大本营，救出了伊萝娜。匪首迪肯也得到了他应有下场。
依据伊萝娜背上的地图，海行者和海伦等人终于乘着气球到达了陆地。然而海行者却认为自己并不属于这里，他独自投到大海的怀抱，扬帆远去。
